La zona arqueológica El Lagartero se localiza al sureste del estado de Chiapas, en el Municipio de la Trinitaria, en una serie de islas, lagos y arroyos entre la selva que conforma el ejido “Lagos de Colón” a 70 km al este de Comitán, muy cerca de la actual frontera con Guatemala y a los pies de la sierra de los Cuchumatanes. En el lugar se tiene registrada la ocupación humana desde el Clásico Temprano (300) hasta el Posclásico Tardío (1400). Sin embargo, su mayor esplendor fue durante el Clásico tardío (700-900), lo cual denota la arquitectura y la cerámica tipo polícromo estilo códice de este lugar, por tal razón, se cree que esta antigua ciudad pudo ser considerada como un gran centro ceremonial cívico-religioso de la región.
Gran parte de la zona arqueológica se encuentra en pequeñas islas y penínsulas que sobresalen dentro del espacio acuífero de los lagos; en las islas Cangrejo, el Sabino, Hasam, Puente de Mora, el Búho y en otros sin nombre local se han reportado montículos que conforman pequeñas plazas y estructuras bien preservadas. En la isla El Limonal, la de mayor tamaño, se localiza el área central del sitio. Esta isla se encuentra inmersa en un sistema de ciénagas y lagunas alimentadas por las aguas del río Lagartero y San Lucas (afluentes superiores del río Grijalva) así como por manantiales. El subsuelo está conformado por rocas calizas que propician terrenos cársticos de relieve variado en agujeros, dolinas y hendiduras en forma de cráteres. Presenta una vegetación exuberante tipo selva baja. Los basamentos de casa habitación conforman patios y la mayor densidad de éstos se concentran en la parte sur y este de la isla. El área nuclear del centro ceremonial se ubica en el extremo norte de la isla, lo conforman altares, estructuras pequeñas y seis monumentales: las pirámides 1, 2, 3 y 4, la cancha de juego de pelota y una gran plataforma. Las construcciones principales son más de quince pirámides, la más grande alcanza una altura de 12 metros. Asimismo, hay plazas cerradas y abiertas, así como varias plataformas de diferentes tamaños, algunas de ellas están interconectadas o aisladas. Las estructuras cívico-religiosas limitaban las plazas, mientras que las edificaciones habitacionales eran extendidas alrededor de los lagos, para sus construcciones usaron piedra extraída de los cenotes, la cual es un tipo de caliza suave y porosa, sencilla para trabajar, pero fácil de erosionar y destruir, por lo que aquellos templos que se edificaron con esta piedra son pocos los que han logrado perdurar. Los antiguos habitantes de El Lagartero vivieron del cultivo de maíz, frijol y otras especies tanto vegetales como marítimas.