Cuando Monte Albán llegó a su decadencia, hacia el año 850, una serie de sitios de los valles centrales oaxaqueños adquirieron gran importancia. La ciudad zapoteca de Yagul (“árbol viejo”), en el valle de Tlacolula, figura entre ellos. La zona había estado ocupada desde siglos antes de nuestra era por cazadores recolectores que se refugiaron en abrigos montañosos en las estribaciones de la meseta de Caballito Blanco, cuyas cuevas con pinturas rupestres, que constituyen el sitio Cuevas Prehistóricas de Yagul y Mitla, fueron inscritas el año 2010 como Paisaje Cultural en la Lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO. Los vestigios dan cuenta, además, de la transición a la vida de los primeros agricultores. En la cueva de Guilá Naquitz se han hallado semillas de cucurbitáceas (calabazas) de más de 10,000 años de antigüedad, que constituyen los restos más tempranos de plantas domesticadas descubiertos hasta la fecha en el continente americano, así como fragmentos de olotes y granos de maíz, uno de los más antiguos testimonios de la domesticación de esta planta. A partir del siglo X, en uno de los macizos rocosos que limitan el valle, los pobladores de la Yagul urbana construyeron una serie de plataformas artificiales sobre las que desplantaron edificios complejos ligados por vialidades bien trazadas. En estos edificios los pisos y muros se caracterizan por tener una fina capa de estuco pintado de rojo. En Yagul se inició la tradición arquitectónica de ornamentar paramentos de muros con frisos de grecas ensambladas, misma que adquirió su mayor esplendor en los monumentos de Mitla. Entre sus edificios sobresalen el Palacio de los Seis Patios, la Acrópolis o conjunto de patios con tumbas (varias de ellas también con restos de pintura mural) y el imponente Juego de Pelota, cuya cancha es la de mayores dimensiones en el Valle de Oaxaca. En Yagul los zapotecos erigieron también una Fortaleza: un largo muro que, combinado con las elevaciones naturales de cerros y montañas cercanos, proporcionó una serie de puestos de vigía y defensa, lo que constituye un testimonio del ambiente bélico que prevaleció en la época.