El Museo de Sitio de Xochicalco tiene como misión ser una herramienta complementaria para quien visita la zona arqueológica, al divulgar la historia prehispánica y preservar y resguardar los vestigios hallados en el sitio, siempre con la sustentabilidad como eje rector, mediante un discurso museográfico en el que se procura la participación constante de los visitantes a través de exposiciones, actividades, talleres, conferencias, cursos, cine y teatro.

La colección del Museo se integra con piezas arqueológicas que se rescataron en las diversas etapas de estudio y excavación de la zona, y abarca alfarería desde la más simple hasta esculturas de una gran complicación e intrincada simbología.

Concebido por el arquitecto mexicano Rolando J. Dada y Lemus sobre un terreno de más de 18,000 m², es el primer museo ecológico del mundo, pues conduce y usa la luz natural, obtiene la electricidad transformando los rayos solares mediante celdas fotovoltaicas, capta en sus techos la lluvia para descargarla en sus depósitos subterráneos, y las aguas negras son tratadas y destinadas al riego de los jardines.

El Museo de Sitio de Xochicalco se inauguró en 1996 para exhibir, en seis salas, los objetos procedentes de las exploraciones arqueológicas de los últimos años, entre los que destaca la escultura conocida como el “Señor de Rojo”. Asimismo, muestra la historia de Xochicalco entre los siglos VIII y X. Analiza los aspectos territoriales, las relaciones comerciales con otras poblaciones y la gran relación que los xochicalcas tenían con la flora y fauna. También, los distintos estratos sociales, la característica bélica y de gran importancia sacerdotal en la sociedad, los elementos arquitectónicos de la ciudad, la destreza en la elaboración de objetos tanto religiosos como laborales y de uso cotidiano, la importancia del ritual asociado al juego de pelota, y la ambientación de los espacios de convivencia mediante la recreación de una casa.

Desde la Sala de Introducción del inmueble —destinada también a la presentación de exposiciones temporales— se aprecia, tras el ventanal, la fachada oriente de la ciudad prehispánica.