Convento franciscano construido entre 1544 y 1570, entre plateresco y mudéjar, con uno de los pocos retablos del siglo XVI que quedan en México, obra de Simón Pereyns. La cristianización del centro del virreinato, ilustrada en muy variados objetos.

Este recinto, inaugurado en junio de 1985, ofrece al visitante un acercamiento al proceso de evangelización del centro del país, así como un panorama de los bienes que pertenecieron a este convento franciscano, construido entre 1544 y 1570 por fray Juan de Alameda. El propio templo bien vale una visita debido a su afortunada mezcla de plateresco y mudéjar. El primer estilo se expresa en el contraste de amplios espacios lisos con reducidas áreas ornamentadas, como es el caso de la fachada lateral, cuya puerta rodea una prolija decoración que evoca hojas y cardos. El estilo mudéjar se manifiesta sobre todo en la forma conopial del arco de la puerta mayor (como la quilla invertida de un barco vista al corte: arco combado primero y al final apuntado). En el interior destaca el retablo central, uno de los pocos del siglo XVI que se conservan en México, obra del artista flamenco Simón Pereyns. También resalta el pétreo decorado de la puerta de la sacristía, que forma una malla cuajada de flores. Igualmente notorios son dos emblemas franciscanos: el escudo de las cinco llagas del Señor y el cordón rematado por flecos. Una vez en el atrio de la iglesia conviene detenerse a ver las capillas posa (en las esquinas del gran espacio, donde se iban deteniendo las procesiones), construidas hacia 1550.

La exposición permanente del museo se compone de pilas bautismales, retablos, pinturas, textiles y objetos utilizados en las ceremonias religiosas. De entre las piezas más emblemáticas destaca una célebre pintura al fresco con las figuras de los primeros 12 franciscanos que llegaron a la Nueva España en 1524, encabezados por fray Martín de Valencia.

En cuanto a la región, Huejotzingo o Huexotzinco es una palabra compuesta por los vocablos nahuas ahuéxotl, ahuejote o sabino, el árbol; tzin, diminutivo, y co, lugar, que en conjunto significan “en el ahuejotito” o “lugar de los pequeños sabinos”. El nombre de esta población está emparentado con el de Huexotla (“donde los ahuejotes”), ya que Huexotzinco es su equivalente diminutivo.

El valle de Huejotzingo fue corredor y asiento de diferentes culturas, se cree que grupos humanos han habitado este lugar desde hace más de 1500 años. Al llegar la influencia olmeca, comenzó a desarrollarse la agricultura en el valle. Predominaron en esta región las etnias olmeca-xicalanca y tolteca-chichimeca, fundadoras de los señoríos de Huejotzingo y Cholula. Estos grupos dominaron el área entre los años 600 y 1292. Ambos pueblos llegaron al paraje siguiéndose unos a otros, pero tomando diferentes rumbos. Asentado el señorío en el valle, llegó a ocupar y dominar una gran extensión territorial del actual valle poblano-tlaxcalteca.

El centro ceremonial y religioso de los huexotzincas se encontraba a las faldas de los volcanes, entre las barrancas, las cuales usaron como fortaleza natural para protegerse de los constantes ataques de sus vecinos. Aunque su extensión territorial llegaba más allá del actual Atlixco, el señorío se dividió en cuatro cabeceras de igual importancia, muy cerca unas de otras, quizá para tener mayor dominio sobre todo el señorío conquistado: la principal fue Tecpan-Huexotzinco, localizada en la barranca que divide las actuales poblaciones de Santa María Teopanzolco y San Miguel Tianguizolco, mientras que las otras, Xaltepetlapa, Almoyohuacan y Ocotepec, rodeaban la sierra. Existieron otras cabeceras de menor importancia como Chiautzingo, Tzecalacoayan y Teotlaltzingocomol, independientes al igual que las anteriores, localizadas al norponiente de la actual población.