La sífilis estuvo presente en la Ciudad de México, entre españoles, indígenas y mestizos, después de la Conquista hasta el siglo XX. En este estudio analizamos de manera sistemática las huellas patológicas de dos series de esqueletos correspondientes a los siglos XVII, XVIII y XIX: 1) la serie del Hospital de San Juan de Dios, compuesta por 77 esqueletos de ambos sexos y huesos largos del osario del cementerio: 180 tibias y 194 fémures; este hospital, que fue designado en 1868 como nosocomio de mujeres públicas prostitutas, donde fueron recluidos los enfermos de sífilis en general. 2) la serie del Hospital de Indios de la Nueva España, de la cual seleccionamos 325 esqueletos cuyo estado de conservación es el adecuado para el análisis osteopatológico. En las dos series calculamos la frecuencia de lesiones entre hombres y mujeres e identificamos diversos grados de desarrollo de la sífilis y la distribución de las modificaciones por unidad ósea. Algunos cráneos presentan caries sicca. Los huesos más afectados fueron los largos: tibias y fémures. Los resultados osteopatológicos de las dos series se compararon con los resultados del osario de la Catedral Metropolitana del mismo periodo (3 042 fémures, 2 207 tibias, 1 801 peronés, 2 554 húmeros, 2 835 cúbitos, 2 766 radios), presentando un patrón similar de distribución de la lesión y localización fundamentalmente en la diáfisis de los huesos largos.