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El Instituto Panamericano de Geografía e Historia fue creado el 7 de febrero de 1928, durante la VI Conferencia Internacional Americana celebrada en La Habana, Cuba, a nivel de Ministros de Estados Americanos.

A petición de la representación del gobierno mexicano la sede quedó establecida en la ciudad de México, mediante un decreto de fecha 5 de mayo de 1930, puso a disposición de las naciones americanas un edificio en la calle de ex-arzobispado 29, de la Colonia Observatorio.

En 1949, un año después de suscrita en la Conferencia de Bogotá, la Carta de la Organización de los Estados Americanos (OEA), el Instituto firmó un acuerdo con el Consejo de ésta y se convirtió en su primer organismo especializado. Dicho acuerdo fue modificado y firmado de conformidad en la ciudad de Washington, D.C. el 6 de mayo de 1974.

Desde su fundación, el Instituto Panamericano de Geografía e Historia ha apoyado y contribuido decididamente al avance de las ciencias que corresponden a su campo de acción.

El IPGH mantiene vínculos con múltiples organizaciones afines a sus áreas de investigación, mediante los cuales brinda colaboración a los Estados Miembros. El Instituto cuenta con un acervo bibliográfico denominado "José Toribio Medina", que se encuentra actualmente alojado en la Biblioteca "Guillermo Bonfil Batalla" de la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH), integrado por más de 231,000 ejemplares disponibles para consulta en sala y domicilio, así como obras en versión digital. Por otra parte, el patrimonio cartográfico del Instituto está depositado en la Mapoteca "Manuel Orozco y Berra" —que es administrada por el Servicio de Información Agrícola y Pesquero (SIAP), México—, la colección del mapas del IPGH asciende a 53,000 mapas.